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PROPER-seq的核心思想是给每个PPI贴上一个独特的DNA序列，然后通过下一代测序读取这些DNA序列标签。为了实现这一想法，Zhong的团队开发了一种名为智能显示（SMART-display）的技术，将独特的DNA条形码附着在每一种蛋白质上。他们还设计了一种名为“孵化、连接和测序”(INLISE)的方法，对连接在两个相互作用的蛋白质上的一对DNA条形码进行测序。PROPER-seq的第三个组件是一个名为PROPERseqTools的软件包，它包含了从DNA测序数据中识别PPIs的统计工具。这三个工具——SMART-display、INLISE和PROPERseqTools——合在一起称为PROPER-seq。
